手続き上、知事が停止命令出せないんですけど？
まぁ、出す事は出せるけど、その指示に従う法的根拠も無いんですけど？
沖縄防衛局は２４日、米軍普天間飛行場（沖縄県宜野湾市）の移設先である同県名護市辺野古沿岸部で、埋め立てに向けた海底ボーリング調査を続けた。翁長雄志県知事による海底作業の全面停止指示に従わず、無視した形だ。翁長氏は海底の岩石採掘と土砂採取などの岩礁破砕の許可取り消しを警告しており、政府と県の対立先鋭化によって現状ではこうした事態につながる公算が大きくなった。政府は許可が取り消された場合、法廷闘争を辞さない構えだ。
菅義偉官房長官は２４日午前の記者会見で「現時点で作業を中止する理由は見当たらない。粛々と進める」と継続方針を明言した。
http://mainichi.jp/select/news/20150324k0000e040180000c.html